Расчётный и фактический надой

По разному бывает.

1) соответствие рациону расчетному и рационы выданному : анализы по яме сделаны когда то, а питательность в яме сменилась

2) изменилась влажность сенажей, силосов, а задание кормленцу выдано в натуральной влажности, корректировка по СВ не сделана.

3) просто небрежность или ошибка при дозировании компонентов рациона

4) гомогенность смешивания может отличаться от требуемого

5) что то не учли при составлении рациона: переваримость НДК шибко влияет на молочную переваримость; помол зерна

6) тепловой стресс — может внести свои коррективы в продуктивность

Для начала

можно сделать лабораторный анализ ТМР, на соответствие расчётному рациону

Если все это учтено, а фактический надой ниже расчётного, то значит виновата генетика.